神奇的 VirtualBox

VirtualBox 是個「虛擬電腦」，一個模擬的個人電腦的硬體環境，
在虛擬的電腦硬體中執行作業系統、測試軟體。

就好像電腦裡面又有一台電腦一樣，當然占的空間也是不小，
廉價筆電實在是有點不堪負荷哪，速度慢又愛當機。

但是，透過 VirtualBox 裡頭的作業系統，
可以在虛擬電腦跟實際的電腦系統同時運作，
可以獨立的執行一些程式。

好像可以在裡面測試病毒不會傷到自己的電腦，但是我不知道在裡面玩病毒要幹麻...

anyway，安裝完之後，

一開始開啟會看到這個畫面，

先匯入應用裝置 ( ← 這簡直是一大考驗)，

在執行前，要先設定CPU、記憶體，設定分享資料夾，然後啟動。

這就是電腦中的電腦桌面摟

利用這個 VirtualBox 可以執行 NWCHEM ：計算量子化學和分子動力

首先，要先將有 ".nw" 副檔名的檔案裡面的"gcpair"改成"abc"，

abc就是我們要計算的protein拉。

接下來運算，

首先是 prepare-0，完成運算後，將 ABC.top、ABC_ref.rst，copy and paste 到 equilibrate-1。

再來，到 equilibrate-1 完成運算後，將 ABC.top、ABC_ref.rst 和 dyna-0.nw 丟到 analysis-2。

在 analysis-2 完成運算後(ana.nw/ana1.nw)，輸入 vmd ，就可以看到水分子和蛋白質分子。

其實過程上，比較困難的是運算的過程，

要搞清楚指令怎麼輸入，

照著指令，就可以帶你到每個資料夾裡面，輸入 nwchem 及要計算的東西，進行運算。

最後在VMD呈現結果，

就可以看到整個結構的立體互動關係，

還有水分子在扭動，

還可以讓他旋轉喔。

而這整個檔案 最終也會產生一個 "abc_refend.pdb"檔案，

這個檔案把他丟到 pymol 裡面一樣可以開啟，

雖然從這邊看水分子不會動，

但是其他的呈現方式設定就可以隨心所欲摟！

算出來的那一刻真是令人感動 

最後， 感謝洪鳳嬬兒，兒是可愛的意思，的大力幫助。