1. 利用自己實驗的基因，或虛擬一個。
2. 找出相關疾病，相關基因，文獻。
3. 利用 NCBI gene 找出所有相關資訊
4. 利用 blast 進行至少 10 個物種的序列，進行親緣分析。
5. 在 GEO 中尋找與該基因相關的表達結果。
6. 利用 GEO 與 2. 的結果，以 string 進行 PPI 分析。
7. 再以 string 結果以 GEO 結果比對，預測你的實驗結果。
8. 將該基因進行蛋白質結構預測。
----------------------------------------------------------------------------------------------------
1. 利用自己實驗的基因，或虛擬一個。
今天的主角是 ZAP70 ：zeta-chain (TCR) associated protein kinase 70kDa [ Homo sapiens ]
2. 找出相關疾病，相關基因，文獻。
利用 DisGeNET，搜尋ZAP70
可以看到
- Diseases associated to this gene
- Genes associated to this gene
在這邊僅列出幾個，包括：
- Immunologic Deficiency Syndromes
- Severe Combined Immunodeficiency
- Primary T-Cell Immunodeficiency Disorders
- Arthritis, Rheumatoid
- Carcinoma
接著，與ZAP70相關的基因，例如：CD40、ENO1、GRK6、CD28、ADRBK1 等等，因為太多就不一一列舉摟。
另外，從 NCBI -GEO profile 搜尋ZAP70，也可以找到相關的疾病，以及他人做過的實驗結果。
例如這個跟 Rheumatoid Arthritis 類風濕性關節炎(RA)有關的研究
並更進一步找到實驗來源的文獻
3. 利用 NCBI gene 找出所有相關資訊
- 基本介紹
zeta-chain (TCR) associated protein kinase 70kDa
- Official Symbol：
- ZAP70
- Other Aliases：
- SRK, STCD, STD, TZK, ZAP-70
- Other Designations：
- 70 kDa zeta-associated protein；
- 70 kDa zeta-chain associated protein；
- syk-related tyrosine kinase；
- tyrosine-protein kinase ZAP-70；
- zeta-chain associated protein kinase, 70kD
- Location：
- 2q12
- Annotation：
- Chromosome 2, NC_000002.11 (98330031..98356323)
Gene type：protein coding
Summary：This gene encodes an enzyme belonging to the protein tyrosine kinase family, and it plays a role in T-cell development and lymphocyte activation. This enzyme, which is phosphorylated on tyrosine residues upon T-cell antigen receptor (TCR) stimulation, functions in the initial step of TCR-mediated signal transduction in combination with the Src family kinases, Lck and Fyn. This enzyme is also essential for thymocyte development. Mutations in this gene cause selective T-cell defect, a severe combined immunodeficiency disease characterized by a selective absence of CD8-positive T-cells. Two transcript variants that encode different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]
- genomic context
- genomic region, transcripts, and products
清楚顯示ZAP70在chromosome上的相關位置，並可進一步連接至 ZAP70 mRNA及protein sequence。
- ZAP70 在 NCBI- PubMed 上相關的文獻，目前共有242篇。
- 與 ZAP70 相關的 gene
更多好康內容都在
4. 利用 blast 進行至少 10 個物種的序列，進行親緣分析。
run blast
選取10個物種 download genebank
之後，利用CLC， 開啟檔案
一定要先alignment → create alignment
才能把tree畫出來 → create tree
就可以從樹狀圖看出誰跟誰最相近
5. 在 GEO 中尋找與該基因相關的表達結果。
ZAP70 in gastric cancer
6. 利用 GEO 與 2. 的結果，以 string 進行 PPI 分析，7. 再以 string 結果以 GEO 結果比對，預測你的實驗結果。
先看zap70 本身和哪些protein有interatction
我把從 GEO 找到 zap70 在RA相關研究上的有關基因，IRF1、CXCL10、CCL5
以及在 DisGeNET 找到的與在RA研究中與zap70相關的基因，CD28、CD40、、ENO1、ADRBK1、GRK6
選取幾個在string中進行protein-protein interaction。
一開始兩個部份確實是有interaction的，
但是與zap70並沒有直接關連，
所以我又按了"+"，增加他的partners，
然後就會發現多了幾個protein之後，
確實就可以幫他們的關係串在一起，
但是另外三個沒有明顯的關係，
我想是因為在RA中，與zap70相關的基因實在是太多了，
想必其中是有很複雜的關係，
如果多按幾個"+"，
可能最終可以看到他們的interaction。
8. 將該基因進行蛋白質結構預測。
接續剛剛的string，可以直接點protein name，
有一些protein的基本介紹，以及他的結構分析。
如下：
點進去更可以直接連接到PDB website，
但是要看結構的話
可以從 pymol 去看比較好，直接從pymol輸入PDB ID，
便可以直接download protein structure，
還可以把結構用成自己喜歡的樣子唷~
但是因為這個protein不知道在幹麻在 pymol 裡都不能換顏色
不美麗 只好捨棄他 看看 PDB 的圖就好摟
這學期的課終於終於終於要結束了嘛!! 呀呼!!
沒有留言:
張貼留言