CLC Sequence Viewer

這個軟體的基礎頁面

點選 import 匯入之前從NCBI下載好的 GeneBamk format

點選他 就能顯示出來

列出序列 

便能依據右方的 list 選擇想看的東西








右上的欄位

也可以轉換 sequence表達的方式





另外，左下角也有像這樣的圖式

可依據需求轉換得到資料
像是把DNA變成circlular form的 即便他原本是linear的

還可以利用右邊的工具 加上restriction enzyme cut 如果需要

因為我們一開始就已經從NCBI得到這個gene的data

但要是一開始沒有的話

也沒關係

直接開啟這個軟體

裡面一樣可以找到

如圖 按download 

可以看到他的 title 顯示NCBI research 

選擇好類別

輸入gene name 

一樣可以下載到 gene information 至這個軟體進行其他操作

而左邊有一個 Toolbox

從DNA轉RNA

RNA轉DNA

reverse

translation 得到 protein sequence

都可以輕鬆在這裡操作

因為他裡面功能實在太多了
所以就 假設我想知道 zap70 這個 gene 的每個open reading frame
先回到sequnce那邊
在左手邊 ToolBox中找到 Find open reading frame 按下去

就會跳出這個視窗

選定好 按 next

接下來

我選擇 list all start codons 

按 finish

就會出現!!

包括位置、大小、哪個strand、codon sequence

NCBI -- gene

從 NCBI Gene 找出 zap70 文獻、中心法則(mRNA, protein sequence)與 GO 相關的資訊

首先到NCBI 選擇 gene 類別 輸入 zap70

選擇 Homo sapiens

進到 zap70 所有 information 列出的畫面

裡面的每一個三角形 都表示著一個類別的 information 

看小標題就可以快速找到要找的資訊

其中一個類別 RefSeq  

裡面可以找到完整的 genomics , mRNA , proteins  

在 genomic 進到 GeneBank

有對於 zap70 更詳細的描述

包括他的DNA sequence

當然也可以在 genomic 中 得到FASTA sequence

從 mRNA and proteins 中看到  zap70 有兩種 isoform

isoform 1

mRNA 

protein

isoform 2
mRNA

protein

接下來要找找與 GO 相關的資訊

GO -- gene ontology 

一樣是小標題的其中之一

裡面包含

function

process

component

點進去還可以連到相關的paper
標題旁邊的 provided by GOA 點進去 
連到GO information 的首頁 
輸入gene name
又可以得到更多相關資訊

Genetic Association Database

Genetic Association Database
http://geneticassociationdb.nih.gov/cgi-bin/index.cgi
怎麼使用這個工具尋找有用的資料呢

首頁

看到左欄中的simple research

點進去看到這個畫面

選擇 gene view 輸入我的 gene 搜尋

就可以看到 zap70 的 database

包括他在哪一條chromosome上 位置從哪裡到哪裡

reference sequence 以及 diseases等等

最前面有一個 view 的選項點進去

可以像下圖

得到類似 table 的表現方式對於這個基因的所有 information

裡面的連結都可以連回 NCBI 的資料庫

DisGeNET

DisGeNET 
http://ibi.imim.es/DisGeNET/web/v02/home

首頁

進到首頁後

按下 Search

近到搜尋頁面

有兩種搜尋引擎可以選擇

第一個先用 genes 輸入自己的 gene  -- zap70

就可以得到以下的資訊

可以看到底下有兩個連結 

1. diseases associated to this gene 

2. genes associated to this gene

第一個 diseases associated to this gene 

可以看到與此基因相關的疾病名稱與描述

最前面的 disease 可以連結到對於疾病描述與定義等等

e.x  

而最右邊的 PMIDs 可以連結到相關的 paper 

e.x

而第二個  genes associated to this gene

則是可以找到與此gene相關的其他gene

並個別列出與gene相關的疾病

所以從這個網站 

我們可以找到與自己有興趣的gene的相關疾病並延伸出其他可以有關連的gene

另外 回到最開頭 利用zap70尋找相關疾病時 

table中列出許多的diseases

我們也可以找自己想看的diseases  比方說其中一個 Immunologic Deficiency Syndromes

回到 Search 頁面

使用第二個搜尋引擎 輸入 Immunologic Deficiency Syndromes

就又可以 focus 在與此疾病相關的 gene   (genes associated to this disease)

當然其中包括最初自己輸入的 gene 

以及更進一步的延伸出與此疾病相關的 disease (diseases associated to this disease)

從這裡便可以找到 什麼樣的gene連接了這兩個disease 

在裡面也找到  zap70 造成的其中一個 disease : Immunologic Deficiency Syndromes

與其他什麼 diseases 有關 

綜合以上

DisGeNET 讓我們看到了一些 association between

gene & gene , gene & disease , disease & disease