2012年10月31日 星期三

CLC Sequence Viewer

這個軟體的基礎頁面






















點選 import 匯入之前從NCBI下載好的 GeneBamk format


















點選他 就能顯示出來



























列出序列 





便能依據右方的 list 選擇想看的東西








右上的欄位

也可以轉換 sequence表達的方式





另外,左下角也有像這樣的圖式




可依據需求轉換得到資料
像是把DNA變成circlular form的 即便他原本是linear的
































還可以利用右邊的工具 加上restriction enzyme cut 如果需要


































因為我們一開始就已經從NCBI得到這個gene的data
但要是一開始沒有的話
也沒關係
直接開啟這個軟體
裡面一樣可以找到

如圖 按download 
可以看到他的 title 顯示NCBI research 
選擇好類別
輸入gene name 
一樣可以下載到 gene information 至這個軟體進行其他操作



































而左邊有一個 Toolbox





從DNA轉RNA
RNA轉DNA
reverse
translation 得到 protein sequence
都可以輕鬆在這裡操作















因為他裡面功能實在太多了
所以就 假設我想知道 zap70 這個 gene 的每個open reading frame
先回到sequnce那邊
在左手邊 ToolBox中找到 Find open reading frame 按下去




























就會跳出這個視窗
選定好 按 next


































接下來
我選擇 list all start codons 
按 finish



































就會出現!!
包括位置、大小、哪個strand、codon sequence








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