Phylogenetic Analysis （練習）

Phylogenetic Analysis

須經過 blast、alighment、tree view 的流程，如下圖所示

簡單來說，就是 building tree 的過程

而可以藉此瞭解我們所要看的 sequence or protein evolve 的過程與特性

這次我們略過 blast 的部份

直接用 demo sequence 從 alignment 開始

首先 

打開 Bioedit 這個軟體

點 file

選擇 New Alignment

出現這個畫面

之後 同樣從 File

按 import → Sequence alignment file

匯入10條 sequence

從上方列

選 Accessory Application → 還有那一長串的英文字

跳出這個視窗

不要怕

儘管給他按下去 run!

之後 就會跑出結果

從 save as

先隨便取個名字  用 Phylip format 存檔

之後到存檔的地方

把檔案名稱改成   infile  連副檔名都不要歐

之後 按靴子

出現

分別輸入 

"R"

"enter"

"200"

"enter"

代表進行200次 replicates

再按

"Y"

"enter"

代表可以開始

但他還會要你輸入 random number seed

為避免當機 我們輸入"1"

"enter"

程式就會開始跑

出現像這樣的結果

同時 資料夾裡面就會出現像這樣 oufile 的檔案

可以用記事本打開看看裡面有什麼樣的資料

但下一步 

我們要將這個 "outfile"的檔案 改成 "infile"

並開啟 prodist

一樣 輸入

"M"

"enter"

選 data sets

"D"

"enter"

"200"

"enter"

最後 按 "Y" "enter"

run 完 200筆 data

一樣的 此時在資料夾中會出現  outfile 的檔案

為進行下一步 也要將之改成 infile

選擇 neighbor 進入頁面

一樣將 replicates 改成 200

random number seed 輸入1

輸入 Y 開始 run

跟之前不同的是

此時 輸出的檔案

有 " outfile "

也有 "outtree"

我們將 outfile 刪除

將 outtree 改成  intree

打開 consense

進入後

直接輸入 "Y"

"enter"

一樣他會有 outfile 跟 outtree 

outfile 可以用記事本打開

已經可以看到樹狀圖

上面就可以看到距離標在上面

另一方面 outtree 我們用 treeview 及 hypertree分別看他呈現的東西

treeview

匯入我們剛剛的 outtree 檔案

就可以看到像下圖一樣的呈現方式

但他無法顯示距離

這時候就可以開著剛剛的 outfile 檔案 與裡頭的 distance 進行對照

hypertree

開啟 outtree 檔案後

還可以以不同方式呈現結果

linear

radial 

hyperbolic

在上方 view　那邊可以選