Phylogenetic Analysis
須經過 blast、alighment、tree view 的流程，如下圖所示
簡單來說，就是 building tree 的過程
而可以藉此瞭解我們所要看的 sequence or protein evolve 的過程與特性
這次我們略過 blast 的部份
直接用 demo sequence 從 alignment 開始
首先
打開 Bioedit 這個軟體
點 file
選擇 New Alignment
出現這個畫面
之後 同樣從 File
按 import → Sequence alignment file
匯入10條 sequence
從上方列
選 Accessory Application → 還有那一長串的英文字
跳出這個視窗
不要怕
儘管給他按下去 run!
之後 就會跑出結果
從 save as
先隨便取個名字 用 Phylip format 存檔
之後到存檔的地方
但下一步
我們要將這個 "outfile"的檔案 改成 "infile"
並開啟 prodist
並開啟 prodist
一樣 輸入
"M"
"enter"
選 data sets
"D"
"enter"
"200"
"enter"
最後 按 "Y" "enter"
run 完 200筆 data
進入後
hypertree
一樣的 此時在資料夾中會出現 outfile 的檔案
為進行下一步 也要將之改成 infile
選擇 neighbor 進入頁面
一樣將 replicates 改成 200
random number seed 輸入1
輸入 Y 開始 run
跟之前不同的是
此時 輸出的檔案
有 " outfile "
也有 "outtree"
我們將 outfile 刪除
將 outtree 改成 intree
打開 consense
進入後
直接輸入 "Y"
"enter"
一樣他會有 outfile 跟 outtree
outfile 可以用記事本打開
已經可以看到樹狀圖
上面就可以看到距離標在上面
另一方面 outtree 我們用 treeview 及 hypertree分別看他呈現的東西
treeview
匯入我們剛剛的 outtree 檔案
就可以看到像下圖一樣的呈現方式
但他無法顯示距離
這時候就可以開著剛剛的 outfile 檔案 與裡頭的 distance 進行對照
