Sequence Manipulation Suite (SMS)

這次要介紹的是 sequence manipulation suite ， 簡稱 SMS 

是一個集合了許多 DNA與 protein序列的分析工具的地方

首先 下載完 SMS 解壓縮之後 

開啟 SMS資料夾 找到 index 按下去!! 就可以馬上開起SMS首頁

就算之後進去亂按到迷路出不來 

只要再按下 index 又可以回到首頁唷!!

之後顯示首頁如下

裡面就有好多好多分析工具可供使用 詳列在上圖左欄

以下介紹三種

1. protein isoelectric point 

即便是不知道如何使用

他也會有示範讓使用者清楚應該輸入什麼資料

並會得到什麼結果

例如這個 protein isoelectric point 

在最上面還有很貼心的小介紹

並可以看到框框內有示範必須給他什麼 data

    按下 submit 之後   就可以看到結果摟!!

那如果輸入我自己的蛋白 zap70 sequence 

submit 之後

也能夠得到我的結果

2. CpG islands

只要輸入DNA sequence 也能夠找到 CpG islands 的位置

當然最上面也有貼心小提醒 

包括他引用什麼 paper 的方法得到這個結果 

還有何謂 CpG islands 

如此 便能很快的得到結果



3. ORF finder 

這應該是對一個 sequence 還滿必須的知識

一樣只要輸入 DNA sequence 就能很快得到每一個 ORF

當然 SMS 裡頭還有更多的分析工具可供使用

雖然應該是要用到的時候才會想到要去研究他...

至少又知道了一個好用的東西